חלק ניכר מהחולים עם תופעות אלרגיות יסבלו ממחלות הקשורות למערכת הנשימה, כגון אסטמה ונזלת אלרגית. מחלות אלו לא רק גורמות סבל רב לחולה, אלא אף עלולות להיות מסכנות חיים במידה והתקפי קוצר הנשימה אינם מטופלים כיאות. מרבית חולי האסטמה יסבלו גם מנזלת אלרגית ויחוו החמרות בעת חשיפה לאלרגנים נשאפים שונים כגון קרדית האבק, אבקנים ופרוות בעלי חיים. במרפאה האלרגית מבוצעים תבחיני עור שנועדו לאבחן לאילו אלרגנים נשאפים החולה מגיב על מנת להתאים את הטיפול באופן אישי לכל חולה.

אסטמה היא אחת ממחלות הילדות הכרוניות השכיחות בהן נתקלים רופאי הילדים במרפאות ובבתי החולים. אסטמה גורמת לאירועי קוצר נשימה התקפיים המגיבים לטיפול עם מרחיבי סימפונות. לעיתים האסטמה תתבטא רק בשיעול טורדני ולא בקוצר נשימה. מאמץ גופני, מחלות וירליות וחשיפה לאלרגנים נשאפים עלולים לגרום להתקף חריף של קוצר נשימה ולכן על כל חולה אסמטי להיות מצויד במשאפים מתאימים על מנת להתחיל טיפול מיידי.

נזלת אלרגית- בדרך כלל מדובר בנזלת שקופה המלווה בתחושת גרד ועקצוץ באף ובגרון, ולעיתים גם בגרד והפרשות מהעיניים והתעטשויות מרובות. הנזלת האלרגית אינה מסוכנת כשלעצמה, אך פוגעת קשות באיכות החיים של החולה. הנזלת עלולה להיות עונתית או כלל שנתית. חשוב לאבחן מהם האלרגנים הגורמים להופעת הנזלת ולטפל בהתאם. הטיפול יכול לכלול מניעת חשיפה (למשל לבעלי חיים), טיפול מקומי לרירית האף, טיפול סיסטמי עם תרופות אנטי אלרגיות ואף חיסונים כנגד האלרגנים הספציפיים (אימונותרפיה).