חלק ניכר מהחולים עם תופעות אלרגיות יסבלו ממחלות הקשורות למערכת הנשימה, כגון אסטמה ונזלת אלרגית.
אסטמה נגרמת כתוצאה מהיצרות של דרכי האוויר ומתבטאת בד”כ בתחושת קוצר נשימה ומחנק ו/או שיעול טורדני. מרבית חולי האסטמה יסבלו גם מנזלת אלרגית ויחוו החמרות בעת חשיפה לאלרגנים נשאפים שונים כגון קרדית האבק, אבקנים ופרוות בעלי חיים אך גם מאמץ גופני ומחלות וירליות עלולים לגרום להתקף של אסטמה חריפה. האבחנה של אסטמה נעשית על סמך הקליניקה האופיינית של שיעול וקוצר נשימה ולעיתים גם על סמך ביצוע תפקודי ריאה – בדיקה בה החולה נושף לתוך מכשיר היודע לזהות חסימה של דרכי האוויר. 

הטיפולים לחולי אסטמה נשעה בעזרת אינהלציות או משאפים הכוללים מרחיבי סימפונות כגון ונטולין או טרבולין וסטרואידים נשימתיים כגון בודיקורט או פלקסוטייד או שימוש במשאפים משולבים כגון סימביקורט או רלבר. משאפים אילו נועדו להפחית את התהליך הדלקתי של דרכי האוויר ובכך למנוע את היצרותם. את המשאפים ניתן לקחת לפי הצורך או באופן קבוע כטיפול מונע במידה ותדירות ההתקפים או חומרתם הינה רבה.

חולים הסובלים מנזלת אלרגית יסבלו מנזלת שקופה המלווה בתחושת גרד ועקצוץ באף ובגרון, ולעיתים גם מגרד והפרשות מהעיניים והתעטשויות מרובות. הנזלת עלולה להיות עונתית או כלל שנתית או תלויה בחשיפה לבע”ח. האלרגולוג יבצע תבחיני עור או בדיקת דם לנוגדנים ספציפיים על מנת לאבחן מהם האלרגנים הגורמים להופעת האסטמה או הנזלת ולטפל בהתאם. הטיפול יכול לכלול מניעת חשיפה (למשל לבעלי חיים), טיפול מקומי לרירית האף עם תרסיסים אנטי אלרגיים או אנטי דלקתיים (סטרואידים נזאליים), טיפול סיסטמי עם תרופות אנטי אלרגיות ואף חיסונים כנגד האלרגנים הספציפיים (אימונותרפיה) הניתנים בזריקה או במתן של כדור תחת הלשון. 

אימונותרפיה הינו תהליך ארוך הנמשך מספר שנים, בו הגוף נחשף לכמויות זעירות ההולכות ועולות לאלרגן הגורם לנזלת או לאסטמה עד שלבסוף הגוף מתרגל לנוכחות האלרגן ומפסיק לפעול כנגדו ובכך המחלה מסתיימת. טיפול זה ניתן בד”כ במרפאות חוץ של בתי החולים או בחלק ממרפאות האלרגיה בקהילה. תופעת הלוואי העיקרית של אימונותרפיה הינה תגובה מקומית במקום הזריקה (גרד ונפיחות) אך במקרים נדירים יותר עלולה להופיע גם תגובה סיסטמית כגון פריחה או קוצר נשימה ולכן הטיפול חייב להיעשות במרפאות אלרגיה בהן ניתן לתת טיפול מתאים גם בתגובות הקשות.